公平貿易的初衷，是為了協助全球的咖啡市場，能夠秉持著公平的原則買賣交易；因為當時的現實是待開發國家的咖啡豆貿易會常態性被剝削，許多較貧困的農民即使產出品質出眾的咖啡，但相對開發中國家的咖啡貿易，其所獲得的利潤卻極度微薄。二十世紀八十年代咖啡供過於求導致出現咖啡過剩危機，影響咖啡農民們的賣價被極度壓抑，公平貿易的觀念因此興起、有些已開發國家發起穩定咖啡市場的機制，希望透過人為的介入將利潤回饋給咖啡農民，因此致力於咖啡貿易趨於公平而有公民貿易咖啡。
公平貿易運動讓人們注意到農民種植咖啡是一項充滿風險的事業，農民收成的咖啡豆常會被企業財團便宜收購而難以從中賺錢；咖啡市場目前面臨大吃小的價格危機，公平貿易認證是確保每個農民能獲得高於基本商品價格的公平貿易的一種溢價方式，有望使咖啡農民能因此小收穫而持續生活而有公平貿易認證；目前有多個組織（例如 Fairtrade America、Fairtrade International 和 Fair Trade Certified）對咖啡進行公平貿易認證。
目前有些直接貿易是讓咖啡種植者盡可能接近咖啡商來打交道，雖然公平貿易和直接貿易最終可能有相似目標，即公平地向咖啡生產商支付費用，但公平貿易標籤是第三方認證，而直接貿易更多的是一種意識形態。如果您在咖啡豆袋上看到直接貿易標章，則它僅由咖啡烘焙商根據其對直接貿易咖啡的特定內部定義進行「認證」。
與任何認證一樣，公平貿易計劃需要花錢，並不是每個小農、咖啡生產商或生產者團體都有資本參與認證過程以獲得公平貿易標籤。
許多生產商，尤其是咖啡等特殊優質產品的生產商，確實發現，無論是與烘焙商的直接貿易關係，還是與咖啡進口商和出口商的長期關係，基於品質的溢價都會增加；也就是說，購買經過公平貿易認證的咖啡飲用者可以確保在供應鏈的某個環節中獲得最低限度的補償。